Cea mai veche și mai prestigioasă instituție de învățământ din Cluj, instituția centrală a unitarianismului timp de secole.

Fondarea sa este strâns legată de constituirea Principatului autonom al Transilvaniei și de Reformă. La dieta de la Turda din 1557 s-a luat decizia finală, conform căreia s-au înființat școli în mănăstirea dominicanilor din Cluj, în cea a franciscanilor din Târgu Mureș și în mănăstirea Tuturor Sfinților din Oradea. Școala din Cluj a primit imediat un sprijin anual de 100 de forinți de la regina Izabella, iar orașul și-a asumat responsabilitatea pentru renovarea clădirii. Această clădire gotică se află și astăzi în Orașul Vechi (Óvár) și a servit ulterior drept reședință pentru ordinul franciscan. Despre viața internă a școlii care a funcționat în clădirea mănăstirii din Orașul Vechi timp de mai bine de un secol, nu s-au păstrat multe date.

Diploma Leopoldină din 1690 a plasat Transilvania sub autoritatea efectivă a Habsburgilor, care au încercat să recupereze clădirile catolicilor; astfel, în octombrie 1693, Colegiul Unitarian este evacuat din clădirea mănăstirii din Orașul Vechi. Aceștia se retrag pe latura vestică a Pieței Centrale (Piața Unirii), unde încearcă să transforme în școală trei clădiri învecinate cu casa parohială. La acea vreme, atât biserica din piața centrală, cât și clădirea parohiei aparțineau unitarienilor. În 1697 un incendiu devastator a cuprins întregul oraș, distrugând și școala unitariană.

Din toamna anului 1718 până în 1801, școală continuă să funcționeze pe strada Bel-Magyar de atunci (Bulevardul 21 Decembrie 1989), în cele șase încăperi ale casei Huszár, La această dată – 1801, după planurile lui Ledér József, a început construcția clădirii cu două etaje, în stil baroc târziu și clasicist, care astăzi este clădirea Liceului „Brassai”. Pe poarta finalizată în 1806 era gravată deja inscripția: MUSIS ET VIRTUTIBUS (Muzelor și Virtuților). Toate personalitățile unitariene de vază ale secolului al XIX-lea au studiat aici – chiar și Brassai Sámuel.

În anul 1901, colegiul s-a mutat în noua sa locație, actualea clădirii eclectică a colegiului, situată mai jos de biserică, proiectată de Pákei Lajos, care rămâne până astăzi cea mai impunătoare școală din oraș.

O schimbare esențială a fost adusă de regimul comunist: prin reforma învățământului din august 1948, statul a preluat școala sub denumirea de Liceul Maghiar de Băieți Nr. 1. În 1949, a început învățământul seral, iar în 1954 numele instituției a devenit Școala Medie Nr. 7. În 1957, s-a sărbătorit a 400-a aniversare de la înființare, ocazie cu care a primit numele de Liceul Brassai Sámuel.

Brassai a devenit, de asemenea, o victimă a reformei școlare a lui Ceaușescu din 1977: a fost transformat într-un liceu industrial cu profil tehnic.. În 1975, secția germană a fost transferată la Liceul Coșbuc, iar din toamna anului 1985 au fost înființate clase cu predare în limba română la secția de zi.

După schimbările din 1989, clasele cu predare în limba română de la secția de zi (cu excepția elevilor care s-au transferat la secția maghiară) din cadrul combinatului școlar, care număra aproape 2500 de elevi, s-au mutat în noul înființat Liceu „Avram Iancu”. Clase românești au mai rămas doar la secția seral.

O noutate în viața școlii a reprezentat-o, din 1993, înființarea claselor Liceului Teologic Unitarian. Acestea funcționează sub îndrumarea spirituală a bisericii, asumându-și și cultivând tradițiile bisericii și ale colegiului. Inițial, aceste clase au fost integrate în cadrul Liceului „Brassai”, însă, din 1997, au devenit treptat independente. Acest proces a devenit și mai pronunțat după iunie 1999, când, prin hotărâre de guvern, Biserica Unitariană a redobândit dreptul de proprietate asupra clădirii școlii. Instituția reînființată a preluat, la 12 noiembrie 2003, numele fostului principe fondator, János Zsigmond, iar până în 2004 s-a extins la structura de opt clase. De atunci, și-a dezvoltat și secția primară.

La cererea bisericii, Inspectoratul Școlar Județean a planificat desființarea secției serale, iar în toamna anului 2006, ultimele clase serale au fost mutate într-o clădire școlară de pe Calea Moților. În toamna anului 2007, clasele serale cu predare în limba română au fost transferate administrativ la Colegiul Național „George Barițiu”; singura clasă terminală maghiară a funcționat tot acolo, deși aparținea în continuare de Brassai. Astfel, la sfârșitul anului școlar, secția serală a școlii noastre, cu o lungă tradiție, și-a încetat existența. În toamna anului 2010, din cauza revendicărilor continue de spații, funcționarea școlii a fost periclitată, situație rezolvată în cele din urmă prin mutarea a patru clase de liceu în clădirea vecină, „Vechiul Colegiu” (Ókollégium), retrocedată de asemenea Bisericii Unitariene. În vara anului 2011, școala s-a mutat în întregime în această clădire, astfel încât elevii și profesorii au putut începe anul școlar 2011-2012 în noua locație, unde-și desfășoară activitatea și în zilele noastre.